Buscando cómo poner un iframe dentro de joomla sin que modificara el código (aún utilizando No Editor como editor el código del iframe era modificado), encontré la solución en este foro:
http://forum.joomla.org/viewtopic.php?p=1649430
Básicamente, lo que se hace es crear un nuevo módulo de tipo “Wrapper”. Ese módulo lo ponemos en una posición que el template no utilice (por ejemplo iframe1 – la posición puede escribirse directamente, sin necesidad de que esté definida en el template -); y en la url del wrapper ponemos la dirección que queríamos mostrar en el iframe.
Luego, dentro del artículo, puede insertarse ese módulo escribiendo lo siguiente:
{loadposition iframe1}
(iframe1 es la posición en que pusimos el módulo)
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Lo que me funciono fue el plugin perchaiframe